Covid-19 : les variants qui menacent de changer la donne en Afrique

La troisième vague du coronavirus en Afrique sera-t-elle la plus dévastatrice ? À écouter, jour après jours, les médecins et les autorités sanitaires qui recensent les cas de contamination et les décès, égrènent la liste des pays touchés par une forte augmentation des cas, beaucoup commencent à le redouter.

« La propagation galopante de variants plus contagieux modifie considérablement la nature de la menace qui pèse sur l’Afrique », a martelé le 1er juillet Matshidiso Moeti, la directrice Afrique de l’OMS, qui estime que la troisième vague « ne ressemble en rien à ce que nous avons connu jusqu’à présent. »

La nouveauté, chacun l’aura compris, tient principalement à la multiplication des fameux « variants ». Le virus mute, les scientifiques nous l’expliquent depuis maintenant dix-huit mois, et des formes nouvelles apparaissent, dotées de caractéristiques parfois inédites.

Mutations en tout genre

Toutes les mutations ne rendent pas le virus plus dangereux, loin de là, mais c’est parfois le cas, particulièrement pour la déjà célèbre version « Delta », dont le taux de transmissibilité est de 30 à 60 % supérieur à celui des autres formes du Covid.

Plus transmissible, le Delta est aussi plus agressif et dangereux : en Ouganda, l’un des pays du continent les plus durement frappés par la troisième vague en cours, 66 % des formes graves de Covid détectées chez les 45 ans et plus sont dues au Delta. Et les variants les plus virulents ont souvent, pour ne rien arranger, tendance à prendre le pas sur les autres.

Le Delta représente 97 % des tests positifs en Ouganda

Dans les dernières statistiques, le Delta représentait 97 % des tests positifs effectués en Ouganda, 79 % en RDC. Il est en passe de devenir la forme majoritaire de la maladie sur le continent, avec des conséquences déjà observables : + 25 % de cas lors de la dernière semaine du mois de juin, et une mortalité en hausse de 15 % dans 38 pays durant la même période.

Il faut aussi préciser que les appellations de type « Alpha » ou « Delta » sont apparues tout récemment et à l’initiative de l’OMS. Jusqu’au printemps 2021, les nouvelles versions du coronavirus SRAS-CoV-2 étaient baptisées en fonction du premier pays où elles avaient été détectées, avec des appellations du type « variant sud-africain » ou « variant breton ».

Appellations stigmatisantes

Appellations jugées – à juste titre – stigmatisantes par les autorités sanitaires. L’OMS a donc décidé à la fin du mois de mai de renommer tous les variants avec des lettres grecques. On recense à ce jour des variants Alpha, Beta, Gamma, Delta, Eta, Kappa, Iota, Lambda, Theta et la liste risque, hélas, de continuer à s’allonger.

Ces différentes formes sont, de plus, classées en trois catégories distinctes selon leur niveau de gravité. On sépare donc les « variants préoccupants » (VOC, « variant of concern »), les « variants d’intérêt » (VOI, « variant of interest » ou variant à suivre) et les « variants en cours d’évaluation », les plus récemment détectés (VUM, « variant under monitoring »).

Chaque catégorie a en commun le fait d’alimenter une crainte : celle de voir apparaître des formes du Covid résistantes aux vaccins actuellement disponibles. Pour tenter d’y voir plus clair, nous vous proposons la liste des principaux variants présents sur le continent à ce jour, leurs caractéristiques connues à ce stade et les pays dans lesquels ils ont déjà été détectés.

Les trois variants les plus préoccupants

Le variant « anglais » Alpha

• Identifié en septembre 2020 au Royaume-Uni
• Actuellement détecté au Maroc, en Algérie, en Tunisie, en Libye, en Égypte, au Cap Vert, au Sénégal, en Gambie, en Mauritanie, en Guinée Bissau, en Guinée, au Liberia, au Tchad, au Burkina Faso, en Côte d’Ivoire, au Ghana, au Togo, au Nigeria, au Gabon, au Cameroun, en République du Congo, en Centrafrique, en RDC, en Guinée équatoriale, en Ouganda, au Rwanda, en Ethiopie, en Somalie, au Kenya, en Angola, au Malawi, à Madagascar et en Afrique du Sud
• Caractéristiques connues : 50 à 75 % plus contagieux que les souches habituelles, touche plus facilement les enfants mais n’entraîne généralement pas de formes graves de la maladie.

Le variant « sud-africain » Beta

• Identifié en août 2020 en Afrique du Sud
• Actuellement détecté en Tunisie, en Libye, au Sénégal, en Guinée Bissau, en Côte d’Ivoire, au Ghana, au Togo, en République du Congo, en Guinée équatoriale, au Gabon, en RDC, en Ouganda, au Kenya, au Rwanda, en Tanzanie, en Angola, en Malawi, au Mozambique, en Zambie, au Zimbabwe, en Namibie, au Botswana, en Afrique du Sud, au Lesotho, en Eswatini, à Madagascar, aux Comores, aux Seychelles et à Maurice
• Caractéristiques connues : se répand plus rapidement que les souches habituelles et se fixe plus facilement dans l’organisme, touche plus fréquemment les jeunes sans forcément provoquer de symptômes, formes parfois plus graves de la maladie et risques de réinfection plus élevés.

Le variant « indien » Delta

• Identifié en octobre 2020 en Inde
• Actuellement détecté au Maroc, en Algérie, en Tunisie, en Mauritanie, en Gambie, au Ghana, au Nigeria, au Gabon, en RDC, en Ouganda, au Kenya, en Angola, en Zambie, au Zimbabwe, au Botswana, en Afrique du Sud et à Maurice
• Caractéristiques connues : ce variant a subi une mutation qui semble le rendre plus résistant aux anticorps, il serait plus contagieux et provoquerait des symptômes nouveaux comme des saignements de nez. Classé « préoccupant » par l’OMS en mai 2021, il semble générer des formes plus graves de la maladie.

Les nouvelles formes qui inquiètent

Le variant Eta

• Identifié en décembre 2020 au Royaume-Uni et au Nigeria
• Actuellement détecté au Nigeria, au Gabon, au Cameroun, en Angola, en Ouganda et en Tanzanie
• Caractéristiques connues : peu de données disponibles à ce jour pour ce variant détecté aussi aux États-Unis et en Europe. Comme d’autres formes préoccupantes, il modifie la protéine Spike qui joue un rôle important dans la contamination des cellules par le virus, ce qui le rend inquiétant.

Le variant « nigérian » B.1.1.207

• Identifié en août 2020 au Nigeria
• Peu de données à ce stade, ce variant reste très minoritaire parmi les cas positifs. Il est toutefois considéré comme une forme « notable » et à surveiller par les autorités sanitaires.

On recense sur le continent deux autres variants identifiés mais dont la dangerosité n’est pas encore évaluée : les B.1.1.318 et B.1.620, respectivement détectés en janvier et février 2021.