Variants en Afrique : les séquençages manquent

La propagation de variants du Covid-19 identifiée dans plusieurs régions d’Afrique inquiète. Pourtant leur séquençage (soit le découpage génétique des virus prélevés pour identifier leurs caractéristiques), qui permettrait de les distinguer les uns des autres, est encore trop rarement réalisé : l’Afrique ne compterait à ce jour que 1 % des opérations mondiales d’identification de variants.

Outre le mondialement connu Beta – désigné sous l’appellation moins politiquement correcte de « variant sud-africain » –, des variants plus confidentiels sont placés sous la loupe des scientifiques comme l’Eta (identifié au Nigeria) ou le A.33.1 (en Ouganda). Et il faut du temps pour analyser leur fonctionnement et leur degré de dangerosité. Si le coronavirus Covid-19 connait des milliers de mutations souvent anodines, plusieurs variants sont déjà jugés « préoccupants » à l’échelle mondiale (comme l’Alpha, le Delta, le Gamma), « d’intérêt » – et sont donc suivis en conséquence –, ou simplement « placés sous surveillance ». Le continent n’est pas non plus épargné par leur propagation.

L’Ouganda nous inquiète particulièrement car tous les variants y sont présents

Souvent plus contagieux, ils pourraient bouleverser encore davantage des systèmes de santé fragile, comme s’en est récemment ouverte la directrice Afrique de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), Matshidiso Moeti. Or, les nouvelles vagues de la pandémie devraient atteindre un plafond de manière plus soudaine, amplifiant les risques de saturation simultanée des hôpitaux, nous confirme le sénégalais Abdou Salam Gueye, directeur régional des opérations d’urgence de l’OMS en Afrique. Et les moyens manquent.

Jeune Afrique : Parmi les milliers de variants existants, plusieurs sont jugés plus ou moins dangereux et tracés sur le continent. Quelles sont les régions qui inquiètent le plus vos services ?

Abdou Salam Gueye : La situation en Afrique australe est toujours la plus inquiétante mais nous sommes également préoccupés par les évolutions du virus en Afrique de l’Est. Des pays comme l’Ouganda nous inquiètent particulièrement car tous les variants y sont présents. Nous constatons une augmentation constante du nombre de cas et de décès. Le système de santé se retrouve débordé. Des études laissent penser que certains variants comme le Delta et le Beta se transmettraient plus rapidement au vu de leur propagation. D’autres études, qui n’ont pas été confirmées, estiment que le Delta pourrait aussi engendrer des formes plus sévères. Nous avons par ailleurs constaté que le nombre de jeunes développant des formes symptomatiques augmente en parallèle de la progression du Delta mais il nous faudra essayer de trouver des explications et rester prudents car cette association n’est pas nécessairement causale.

Sachant que non seulement les tests mais aussi les séquençage restent rares dans certains pays, peut-on craindre un décalage important entre la proportion de variants identifiés et leur propagation réelle ?

À mon avis c’est très net, car on ne fait pas suffisamment de tests en Afrique et même lorsque les tests sont positifs, c’est exceptionnel qu’un séquençage soit fait. Cela demande un laboratoire voire un système logistique qui permette d’envoyer des tests pour vérifier les résultats. Traiter un nombre considérable de résultats demande également des notions de bio-informatique ainsi que les ressources humaines et matérielles adéquates.

Il nous faut parfois utiliser des valises diplomatiques pour transférer du matériel ou des tests d’un pays à l’autre

Comment compenser le manque, voire l’absence, de technologies de séquençage de certains pays ?

Palier les différences d’une région à l’autre est très difficile. L’OMS peut acquérir du matériel pour les pays qui ne peuvent pas se l’offrir. Nous avons également mis en place des coopérations en identifiant par exemple un laboratoire qui peut servir trois pays et nous l’équipons en conséquence. Nous l’aidons à réaliser les prélèvements, à les transporter et à rendre ses résultats. Nos bureaux installés dans chaque pays travaillent main dans la main avec les laboratoires nationaux qui transmettent leurs échantillons. Il nous faut parfois utiliser des valises diplomatiques pour transférer du matériel ou des tests d’un pays à l’autre et réaliser le séquençage. Cela demande une logistique importante, du personnel et des fonds.

Disposez-vous du budget nécessaire pour aider à systématiser ces séquençages ?

Au niveau africain nous n’avons pas de ligne budgétaire pour renforcer le séquençage des tests de Covid-19. Nous avons rédigé un projet qui nécessite 15 milliards de dollars pour se faire dans les 47 pays que nous couvrons, mais nous n’avons pas trouvé de financement. L’OMS Afrique a donc ponctionné ses fonds propres, à hauteur de 3 millions de dollars pour l’instant, pour démarrer ce projet dans 14 pays d’Afrique australe. Mais les bailleurs traditionnels pourraient nous aider à développer ce projet. C’est très important : cela aiderait les pays dans leur prise de décision en matière de vaccins, car leur efficacité varie parfois en fonction des variants. Il en va de même pour les choix thérapeutiques qui peuvent être différents, toujours selon les variants, ou la mise en place de mesures de distanciation.

La distribution de vaccins peut-elle véritablement être adaptée à l’évolution des variants d’un pays à l’autre ? 

Ce n’est pas si simple car la répartition des vaccins est déjà planifiée et la vaccination est pour le moment utilisée pour prévenir les cas graves et les décès. Mais les variants montrent que l’humanité ne sera protégée que quand tout le monde sera protégé. Il me semble dangereux que des pays vaccinent des populations qui ne sont pas à risques, comme les adolescents et les enfants, cela pourrait produire une sélection de variants résistants aux anticorps du vaccin. La meilleure chose à faire est de distribuer équitablement ces vaccins dans le monde. L’immunité collective me semble être un terme galvaudé, l’objectif réel étant de protéger contre les formes graves et les décès.

Le nombre de places en soins intensifs limité en Afrique reste très préoccupant

Étant donné l’évolution actuelle des variants sur le continent, quels sont les scénarios envisagés ?

Tous les scénarios prévoient une augmentation très importante des cas, mais surtout des cas symptomatiques et graves. Nous pouvons pour l’instant comparer les différentes vagues. La deuxième a duré moins longtemps que la première, et la troisième a atteint un plafond plus rapidement que la précédente, ce qui laisse penser qu’elle durera moins longtemps. Par ailleurs, le nombre total de cas augmente de la première à la troisième vague. Par conséquent, la pression sur le système hospitalier est plus soudaine et concentrée, et donc les risques de se retrouver avec des malades sans lit est accru. Le fait que le nombre de places en soins intensifs soit limité en Afrique reste donc très préoccupant.

De quelle marge de manoeuvre disposez-vous face à une éventuelle dégradation de la situation ?

Nous pouvons mettre en place trois types d’interventions. Nous pouvons accompagner les États dans l’utilisation la plus efficace de l’argent qu’ils mobilisent ou reçoivent des bailleurs pour lutter contre le Covid-19. Malheureusement si nous intervenons en ce sens aujourd’hui, nous ne pourrons pas sauver de vie dans les six mois, car ces décisions stratégiques mettent du temps à s’appliquer sur le terrain. Nous pouvons également acheter du matériel stratégique comme des cylindres et concentrateurs d’oxygène, des respirateurs, des masques à oxygène. Nous les stockons ensuite dans des lieux clés comme l’Afrique du Sud, le Kenya ou le Sénégal afin de les déployer en fonction des besoins d’autres pays. Mais cela prend également du temps, il faut parfois jusqu’à trois mois entre la commande et la possibilité concrète de sauver des vies. Enfin, nous intervenons en urgence au coup par coup pour envoyer des ingénieurs dans une usine d’oxygène qui tomberait en panne, ou acheter des adapteurs pour répartir l’oxygène sur davantage de lits si un hôpital manque de machines et se trouve débordé.