Habré a été, tout au long des années 1980, une pièce maîtresse de la guerre secrète menée par l’administration américaine contre Kadhafi, et jugée prioritaire par le président Ronald Reagan. Malgré son discours anti-impérialiste, la CIA l’a vite repéré et l’a même surnommé « le guerrier du désert par excellence ». Alarmée par l’alliance Goukouni-Kadhafi, elle lui envoie des experts, puis des armes et de l’argent dans le maquis, près de la frontière avec le Soudan.

La coopération se poursuit après sa prise de pouvoir. Habré reçoit des armes via les services secrets égyptiens et soudanais. Quand la menace Goukouni réapparaît en 1983, les États-Unis se remobilisent. Selon une estimation du Washington Post, leur aide se serait élevée à 182 millions de dollars.

Le 19 juin 1987, alors que les Hadjeraïs sont matés, c’est Reagan qui le reçoit dans le Bureau ovale.

À cette époque, « il y avait des moments où l’aéroport de N’Djamena ressemblait à Rhein-Main [base américaine en Allemagne de l’Ouest utilisée durant la guerre froide] », témoignait John Propst Blane dans une enquête du magazine Foreign Policy en 2014. L’ambassadeur américain au Tchad voyait alors Habré « au moins trois ou quatre fois par semaine ». Le 19 juin 1987, alors que les Hadjeraïs sont matés, c’est Reagan qui le reçoit dans le Bureau ovale.

L’Oncle Sam a également financé la redoutable DDS, y a détaché un conseiller et lui a proposé des formations. Ainsi, en 1985, douze Tchadiens, dont quatre de la DDS et deux de la sécurité présidentielle, effectuent un stage dans un centre d’instruction américain. Selon Bandoum Bandjim, l’un d’eux, il s’agissait d’apprendre à identifier et à manipuler les explosifs… Ce soutien aura duré jusqu’au bout. Le 25 novembre 1990, alors que les hommes de Déby fondent sur N’Djamena, Washington ne veut pas croire en sa chute et conforte Habré. Il tombera cinq jours plus tard.