Ilhem Boutiba Ben Boubaker : « Nous avons réussi à séquencer le coronavirus en Tunisie »

Mal aimée des budgets de l’État, la recherche est malgré tout en première ligne dans la guerre déclarée au coronavirus. Le laboratoire de microbiologie de l’hôpital Charles-Nicolle, l’un des établissements majeurs de soins de la capitale tunisienne, a traqué le virus dans son intimité et déterminé la séquence d’acide ribonucléique (ARN) qui lui est spécifique. Moins connu que l’ADN, dont il dérive, l’ARN, essentiellement support des gènes assurant la synthèse des protéines, joue également un rôle capital dans le métabolisme cellulaire.

Une équipe de chercheurs dirigée par le professeur Ilhem Boutiba Ben Boubaker a décrypté l’enchaînement des molécules organiques qui confèrent l’identité propre des souches du SARS-CoV-2, responsable du Covid-19. Un pas de géant, qui va permettre de pister et de comparer les mutations des souches circulant en Tunisie avec celles rapportées par les autres pays. Le professeur Ilhem Boutiba Ben Boubaker explique à Jeune Afrique tout l’apport de ces résultats pour une meilleure connaissance de ce virus.

Jeune Afrique : Quelle est la nature de votre découverte ?

Pr Ilhem Boutiba Ben Boubaker : Il s’agit du premier séquençage partiel du virus SARS-CoV-2 en Tunisie, mais ce n’est pas une découverte proprement dite. C’est néanmoins un exploit d’avoir consacré du temps pour la recherche malgré notre grande charge de travail pour le dépistage et le diagnostic des cas positifs de Covid-19. Il s’agit de la première séquence de SARS-CoV-2 publiée dans la base internationale des séquences génétiques GenBank [banque de séquences d’ADN, comprenant toutes les séquences de nucléotides publiquement disponibles et leur traduction en protéines] par un pays de la région de la Méditerranée orientale de l’OMS.

Les résultats que nous avons publiés sont très importants pour le suivi de l’épidémiologie moléculaire des virus circulants

Cette contribution a reçu les félicitations de l’OMS, qui a souligné que la Tunisie est le premier pays de la région à publier ses résultats dans GenBank. Des résultats qui sont très importants pour le suivi de l’épidémiologie moléculaire des virus circulants.

Le séquençage existe depuis plusieurs années ; l’hôpital Charles-Nicolle est équipé d’un séquenceur conventionnel depuis 2008, soit un automate qui permet d’établir l’ordre des chaînes des nucléotides de l’ADN ou de l’ARN.  La technique utilisée est celle de Sanger. Il s’agit d’une technique assez ancienne, basée sur la synthèse enzymatique, qui reste encore aujourd’hui très utilisée. C’est une technique très minutieuse et assez lourde au niveau de l’interprétation des résultats. Par ailleurs, les séquenceurs de nouvelle génération sont des automates qui permettent le séquençage de tout un génome, même humain [WGS : Whole Genome Sequencing], en un temps record.

Connaître l’ennemi en établissant son identité a été notre priorité

Pourquoi avoir axé la recherche sur l’ARN ?

Notre laboratoire a été impliqué dès la constitution du comité national de riposte au Covid en Tunisie, à la fin du mois de janvier, en tant que laboratoire national de référence grâce à notre expertise dans la surveillance virologique des virus respiratoires ainsi que d’autres cas pathogènes. Connaître l’ennemi en établissant son identité a été une priorité dès le début de l’épidémie en Tunisie.

S’agissant d’un virus à ARN, le séquençage que nous avons effectué a initialement porté sur trois souches ; il faudrait le faire pour tous les prélèvements positifs afin de mieux appréhender la diversité du virus dans le pays, déterminer son origine phylogénétique et la rapprocher de tel ou tel variant qui circule. Les virus à ARN sont connus pour la fréquence de leurs mutations, liées aux erreurs de réplication à l’intérieur de la cellule hôte.

La contamination a débuté en Tunisie par des porteurs revenus de différents pays, notre objectif est d’établir s’il s’agit ou non d’une seule et même souche qui se propage

Envisagez-vous de développer cette recherche ?

Il faudrait élargir le séquençage à toutes les souches. Le projet est de le faire pour tous les prélèvements positifs. Nous entamons cette étude plus approfondie en ciblant éventuellement des profils de personnes atteintes, des clusters ou des localités. La contamination a débuté en Tunisie par des porteurs revenus de différents pays, notre objectif est d’établir s’il s’agit ou non d’une seule et même souche qui se propage. Cette donnée est essentielle pour mieux structurer et définir le circuit de l’épidémie en Tunisie, mais aussi pour la traçabilité du virus et ses éventuelles mutations.

Nous pourrons aussi confronter nos résultats avec les données cliniques et épidémiologiques ; par exemple, un mutant donné pourrait être à l’origine des cas asymptomatiques ou graves. Autant de pistes à explorer pour affiner le profilage sur le virus et établir sa carte d’identité, en confrontation avec les données provenant d’autres recherches.

Quel va être l’impact de cette découverte ?

Nous avons identifié la séquence génétique qui code pour les spicules [gène S], les piques en surface du SARS-CoV-2. Le décodage de cet élément clé de la pénétration du virus dans les cellules peut, entre autres, être utile à l’élaboration d’un vaccin. Il a été démontré que le gène S des trois souches étudiées ressemble étroitement à celui des virus qui circulent aux États-Unis.

Avec les moyens du bord et dans l’urgence, nous avons pu apporter aux efforts de recherche en cours la première contribution de la Tunisie

Les données préliminaires que nous avons publiées ont obtenu un numéro d’accès et sont ainsi référencées dans GenBanK. Elles seront utiles pour tous les chercheurs qui s’y intéressent, aussi bien à l’échelle nationale qu’internationale. Avec les moyens du bord et dans l’urgence, nous avons pu apporter aux efforts de recherche en cours la première contribution de la Tunisie.

Nous espérons, dans le futur proche, faire des études approfondies et élargies avec confrontation des données fondamentales avec les données cliniques et épidémiologiques pour une meilleure connaissance du SARS-CoV-2, comme sa virulence, sa transmissibilité, la recherche diagnostique, et pour mieux appréhender la circulation des virus et ses voies de transmission.